Für den Anfänger macht es keinen Unterschied.
Der FSX ist der neue, der einige Verbesserungen bringt z.B. verbesserte Grafik, mehr Grafik SchnickSchnack und es wir standartmäßig ein A321 mitgeliefert.
Der FS 2004 hat den Vorteil, dass es haufenweise AddOns gibt.
Dazu kommt, dass der FS 2004 auf aktuellen Systemen anständig läuft, beim FSX wird es spätestens mit den kommenden AddOn's garantiert wieder Diashows geben.
Ich selber habe den FS 2004 laufen. Den FSX werde ich mir sicher auch noch holen....aber es eilt nicht.
Wenn Du lange Spaß haben willst, fang ganz einfach mit der Standart-Cessna an. Es gibt eigentlich nichts besseres um Anflüge zu üben, allein schon weil man damit sehr langsam fliegen kann und somit nahezu alle Zeit der Welt hat die Piste zu treffen. Dann kann man auch gerne die Standart-737 ausprobieren. Das ist gleich ein anderer Schnack

Wenn Du gleich mit einer PMDG, F1-ATR oder so startest stehen die Chancen nicht schlecht, dass Du ziemlich schnell ziemlich frustriert bist, denn ohne studieren des Handbuch's geht da nicht wirklich was.
Ein nettes Payware Einsteigerpaket ist EW-Pro wie ich finde.
An Add-On's sollten beim FS9 die GermanAirports 3 dabei sein (u.a. Hamburg,Kiel,Lübeck,Bremen,Düsseldorf) und dann musst Du halt sehen wo Du hin möchtest.
Zu Joysticks kann ich aktuell nicht vie sagen, da ich den MS Sidewinder Precision 2 habe. [Wort für "sehr toll" gesucht] Teil, aber MS produziert keine Joysticks mehr.